Pazu est un jeune garçon travaillant dans une mine, et Sheeta, une mystérieuse fille qui possède un cristal magique. Sheeta est poursuivie par des pirates de l'air et des agents du gouvernement qui veulent mettre la main sur le cristal en raison de ses pouvoirs mystiques. Alors que Pazu aide Sheeta à échapper à ses poursuivants, ils découvrent ensemble que le cristal est lié à Laputa, une légendaire cité flottante dans le ciel. Laputa est supposée être une cité perdue pleine de richesses et de secrets, et de nombreuses personnes sont prêtes à tout pour la retrouver. Pazu et Sheeta entreprennent un voyage pour découvrir les mystères de Laputa et sauver la cité de la cupidité de ceux qui cherchent à l'exploiter. Leur périple les entraîne dans un monde fantastique, peuplé de robots anciens, de paysages à couper le souffle et de personnages excentriques.